東京を中心に、複数の県にまたがって発生した６件の殺人事件。被害者のそばに常にマージャンの牌が残されていたことから、警察は同一人物もしくは組織による広域連続殺人事件に指定する。
これ以上の犯行を防ぎ、事件を解決するため、目暮警部ほか、各県の刑事たちが集まっての捜査会議がおこなわれ、探偵・毛利小五郎（声：神谷明）もその会議に参加する。
謎が解決されないまま一旦会議は中断するが、そのとき江戸川コナン（声：高山みなみ）は、会議を抜けたひとりの刑事が黒いスポーツカーに乗り込むところを目撃する。その車は、かつてコナン＝工藤新一を襲った“黒の組織”の一員・ジンのものだった。“黒の組織”の人間が会議に潜入していたのか？ ならば、連続殺人事件は“黒の組織”の仕業なのか？
事件の背後で“黒の組織”が動き出す。そしてコナンは、組織の影が自分に近づいていることに気づいていた。
ジンは、工藤新一が江戸川コナンとして生きていることを知らない。もし、コナンの正体にジンが気づけば、新一＝コナンだけでなく、周りの仲間たちまで抹殺しようとするだろう。だが、この事件をきっかけに組織を一網打尽にすることができるかもしれない。
それがあまりにも危険なことを承知の上で、コナンはひとり、捜査を開始する。因縁のデスゲームがいま、始まった！
