大河内三郎はどこにでもいる内気な高校生。だが、極悪ヤンキーを兄に持つ三郎を周囲が放っておくはずがない。果たして三郎を待ち受ける運命は？
講談社「ヤングマガジン」で連載され、２００７年にテレビ東京系で放送されたドラマ版も好評をもって迎えられた人気ギャグマンガ「エリートヤンキー三郎」が、いよいよ『激情版 エリートヤンキー三郎』として映画館の大スクリーンに登場する。
今回の“激情版”はドラマ版のメインキャストが再集結しつつ、ドラマ続編ではない新たなオリジナルストーリーが展開する。
主人公・大河内三郎を演じるのは、ドラマ版でも主演をつとめた石黒英雄。ドラマ「ごくせん」「仮面ライダー電王」、映画『うた魂♪』で注目の若手男優が待望の映画初主演を果たす。
共演には、河井星矢役にインパルスの板倉俊之、石井武役に劇団☆新感線の橋本じゅん、大河内一郎＆二郎兄弟にその迫力で日本映画界を席巻する小沢仁志＆小沢和義兄弟というドラマ版でお馴染みのメンバーに加え、ヒロイン・春菜にはアミューズ第１回“お姫様オーディション”出身の新星・山本ひかるを抜擢。そしてヤンキーを撲滅しようとする警視庁の面々としてなだき武、竹内力という個性派が参戦する。さらに、仲間由紀恵が三郎にお告げを与えるシスター役で出演するのも見逃せない。
監督は、『地獄甲子園』『魁!!クロマティ高校 THE★MOVIE』など、ギャグコミックの映像化で定評のある山口雄大がつとめ、原作ともドラマ版とも一味違った“ハイパーヤンキーギャグムービー”を完成させた。
ヤンキーの巣窟となっている私立徳丸学園高校。その学校を支配しているのは、県内中にその名を轟かす極悪ヤンキーの大河内一郎（小沢仁志）、大河内二郎（小沢和義）の兄弟だった。しかし、校長の大英断によってふたりに退学処分がくだされ、学園は平穏を取り戻したかに見えた――。
そして４月、一郎＆二郎に続く大河内第３の男・三郎の入学を控え、徳丸学園は騒然としていた。だが、現われた三郎（石黒英雄）は一見ごく普通の少年で、トップ不在の徳丸を制しようといきりたっていた石井（橋本じゅん）や、三郎の側近となって甘い汁を吸おうとしていた河井（板倉俊之）たちは拍子抜け。実は三郎は、一郎＆二郎を兄に持つものの、本人は見た目だけでなく、内面もごく普通に高校生活を送ることを夢見る朴訥な少年だったのだ。
しかし大河内家の三男を周りがほうっておくわけもない。河井の音頭で三郎軍団が結成されてしまい「総長！」と呼んでつきまとう。おまけにとうとう石井が三郎にケンカを申し込んできた。どうする三郎!?
そうこうしているうちになぜか史上最強のエリートヤンキーとしてまつりあげられてしまった三郎。せっかくゲーム好きの女の子・春菜（山本ひかる）と知り合っていい雰囲気になってきたのに、ヤンキー根絶を目指す警視庁のエリート・如月（なだき武）や、一郎＆二郎とわたりあってきた少年課の久能（竹内力）も三郎に目をつけた。三郎の高校生活はいったいどうなる？
