いまや日本の夏には欠かせない存在となった劇場版ポケットモンスター。その12作目となる『劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド・パール アルセウス 超克（ちょうこく）の時空へ』は、ポケモン映画史上初のタイムスリップ・アドベンチャー。すべてを生み出したという幻のポケモン・アルセウスがスクリーン初登場！ そして、２００７年の『ディアルガVSパルキアVSダークライ』、２００８年の『ギラティナと氷空（そら）の花束シェイミ』に続く３部作最終章として、これまで繰り広げられてきたディアルガ、パルキア、ギラティナの神々の闘いの謎が明らかになる！ さらに初登場のギザみみピチューも大活躍！
サトシ役に松本梨香、ピカチュウ役に大谷育江、タケシ役にうえだゆうじ、ヒカリ役に豊口めぐみをはじめとするお馴染みのキャストに加えて、今年も劇場版恒例の豪華ゲストが参加している。アルセウスに深い関わりを持つダモス役に高嶋政宏、遺跡の守り人・シーナに北乃きい、そして神秘的なアルセウスを以前からポケモンの大ファンだという美輪明宏が演じる。また、ダモスの部下・ギシン役で山寺宏一が劇場版ポケモンに12作連続別の役でゲスト参加を果たし、ギザみみピチュー役をギザかわゆくつとめた中川翔子は主題歌「心のアンテナ」も担当している。
感動のストーリー、壮大なスケール、迫力のバトル……。すべてがパワーアップした２００９年のピカチュウ・ザ・ムービー。限界を超えた闘いの果てに、この世界の謎が明かされる。さあ、みんなもサトシとピカチュウと一緒に超克の時空に旅立とう！ 神々の闘いに、驚きの結末が訪れる！
旅を続けるサトシ（声：松本梨香）たち一行は、豊かな自然に囲まれた川沿いの町・ミチーナにやってきた。この町には何千年も前の神殿の遺跡があり、サトシたちは巨大な岩山の山頂にある遺跡で、遺跡の守り人であり、ポケモンと心を通わせる能力を持ったシーナ（声：北乃きい）と出会った。シーナは、サトシたちにミチーナに伝わる古い言い伝えを語りだした。それは大昔、すべてを生み出したといわれる幻のポケモン・アルセウス（声：美輪明宏）が、自分の身を呈して多くのポケモンを救ったことから始まる……。
16個の“命の源”を失ったアルセウスは瀕死の危機にあった。命の源を探し出し、アルセウスを救ったのは、ダモス（声：高嶋政宏）という名の男だった。元気を取り戻したアルセウスは、荒地だけが広がるミチーナの町をかわいそうに思い、命の源から作り出した“命の宝玉”をダモスに貸し与えた。
命の宝玉の力により、荒れ果てていたミチーナは緑豊かな土地となった。ところが、命の宝玉をアルセウスに返す約束の日、ダモスは命の宝玉を返さず、ポケモンたちを使いアルセウスに攻撃を仕掛けたのだった。裏切られたアルセウスは、激しい怒りを抱えたまま、永い眠りについた。「次に目覚めるときは人間に裁きをくだす」という決意を抱いて。
そしてついに、アルセウスが再び目覚めるときが来た。アルセウスの怒りを鎮めるため、シーナと同じく守り人であるケビン、そしてサトシたち一行は、古代のミチーナへ時空を越えた旅に出る！
