女子高生にして刑事の“ケータイ刑事”が難事件を解決する人気ドラマシリーズ「ケータイ刑事」が、４年ぶりにスクリーンに登場する！ 待望の劇場版第３弾『ケータイ刑事 THE MOVIE3 モーニング娘。救出大作戦！〜パンドラの箱の秘密』では、銭形海、銭形命、銭形結、６代目から８代目まで３人のケータイ刑事が集結し、トップアイドルを巻き込んだ事件に挑む！
これまで主演女優が続々と大ブレイクしたことで知られる「ケータイ刑事」シリーズだけあって、本作でも海役の大政絢、命役の岡本あずさ、結役の岡本杏理と、注目の若手女優３人が豪華共演を果たす。さらに、３人とともに捜査にあたる刑事“トミーとマツ”に国広富之と松崎しげる、警視庁副総監に宍戸錠ら、テレビシリーズでおなじみのキャストが劇場版でも銭形三姉妹をしっかりとバックアップ。また、劇場版オリジナルキャラクターを演じる大杉漣の怪演は注目だ。
そして今回の劇場版最大の目玉が、ケータイ刑事と日本を代表するアイドルグループ・モーニング娘。のコラボレーションだ。本人役で出演するモーニング娘。は歌とダンスで華やかにスクリーンを飾る。また、映画完成後の２０１０年12月にメンバー３人が卒業、撮影時の８人体制では最初で最後の映画出演となっているのも見逃せないところだろう。
プロデューサーはもちろん「ケータイ刑事」シリーズの生みの親である丹羽多聞アンドリウ。脚本に林誠人、監督に安藤尋と、シリーズを初期から支えるスタッフにより、これぞケータイ刑事の真骨頂と呼べる作品が誕生した。
個性あふれるキャラクターの魅力にトリックの謎、そしてモーニング娘。の歌とダンスと、さまざまな魅力の詰まった「ケータイ刑事」最新作、そのラストに待っているのは……？ 最後までスクリーンから目を離すな！
ステージで繰り広げられる歌とダンスに盛り上がるコンサート会場。その熱狂の中に、鋭い視線を周囲に走らせる銭形海（大政絢）、銭形命（岡本あずさ）、銭形結（岡本杏理）、“ケータイ刑事”三姉妹の姿があった。
そのコンサートの３日前、３人は警視庁副総監・難波一弘（宍戸錠）により呼び集められた。なんと、国民的アイドルグループ・モーニング娘。（モーニング娘。）を“抹消”するという脅迫状が送られてきたという。難波副総監の依頼を受けた３人は、モーニング娘。の警護をつとめるためコンサート会場にやってきたのだった。
コンサート終了後、ホテルへ移動するモーニング娘。のバスには命が同乗し、海と松山進刑事（松崎しげる）が乗った車がバスの前を、結と岡野富夫刑事（国広富之）の車がバスのうしろを固める万全の警護体制がとられた。だが“ゴルゴダの森”を通過してホテルに着いたバスからは、運転手も気づかないうちにモーニング娘。と命の姿が消えていた！
海と結、松山と岡野、鑑識の柴田太郎（金剛地武志）、柴田束志（大堀こういち）、柴田池輝（森本亮治）たちの捜査にもかかわらず、モーニング娘。と命の行方は杳として知れない。そして犯人からは巨額の身代金を要求する電話が入り、捕われた命の身に危険が迫る。捜査を続ける海と結たちの前には“パンドラの箱”の謎が……。
やがて事件の陰に、国際的テロ組織“ウリドンアの爪”のボスであり、１年前に当局に身柄を拘束されたキングウリドンア（大杉漣）の存在が浮かびあがる。犯人の意味深げなメッセージに導かれ“バベルの塔”に向かった海と結が見たものは!?
犯人の狙いはいったいなんなのか？ ケータイシスターズは、モーニング娘。を救い出すことができるのか!?
