祖母が暮らす田舎町へと引っ越してきた高校生・さよの周りで次々と起こる不可解な事件。これは“トイレの花子さん”の呪いなのか!? さよと担任教師の小山、クラスメイトの兄・達也はかつてこの町で起きたある出来事を知るのだが……。
１９９０年代、子供たちの間で伝えられる学校にまつわる怪談がブームとなった。その中でももっとも広く知られたのが“トイレの花子さん”だ。２度にわたり映画化されたのをはじめ、オリジナルビデオ作品やテレビドラマ、アニメなど様々なかたちで映像化されてきた“トイレの花子さん”が『トイレの花子さん 新劇場版』として15年ぶりにスクリーンに登場する！
主演は映画初出演の上野優華。２０１２年に開催された「Dream Vocal Audition」で、１万人を越える応募者の中からグランプリ「Dream Vacalist loved by ヤングマガジン賞」に輝いた期待の新星だ。演技はまったく初挑戦ながら、戦慄の恐怖を体験する主人公・長沢さよをしっかりと演じてみせた。また、主題歌「君といた空」で歌手デビューも果たす。
さよの担任教師・小山には『BUNGO／乳房』『ユダ』主演の水崎綾女、クラスメイトの兄・達也には『アサシン』『CRAZY-ISM』主演の馬場良馬と、ヒーロー番組でも知られるふたりが共演。そのほか、クラスメイトたちには安田聖愛、田中瞳佳、アイドルユニット・青SHUN学園の山川りな、アイドルグループ・AeLL.の石條遥梨ら、期待の若手キャストが揃っている。
脚本はＤＶＤ作品「絶叫」などのここやあんず、監督は『ひとりかくれんぼ 劇場版』『×ゲーム２』などの山田雅史。人間の“闇”を浮き彫りにする、怖ろしく、そして切ない現代の怪談を作りあげた。
新時代のヒロインを迎えて、いま永遠の恐怖が蘇る！
高校生の長沢さよ（上野優華）は、母とふたり、東京から祖母が住む田舎町へと引っ越してきた。地元の高校に転入したさよは、クラスメイトに案内されて校内を見学する途中で、担任の若い教師・小山貴子（水崎綾女）がトイレに花を供えているところを目撃する。
クラスメイトたちにあたたかく迎えられ、新しい高校での楽しい生活をスタートさせたかと思われたさよだが、転校して２日目に、クラスメイトのひとり佐伯真帆（安田聖愛）がイジメの標的になっていることを知る。転校初日、さよに最初に声をかけてきてくれたのは真帆だった。真帆と仲良くしたいと思うさよだったが、ほかの生徒たちから仲間はずれにされることが怖くて真帆をかばうことができない。そして、校内のトイレに真帆を閉じこめるイジメに加担してしまう。
真帆が心配になったさよは夜になってから学校へと戻り、真帆がいるはずのトイレに向かう。そこでさよは、トイレの中で真帆が死んでいるのを発見する。さらにさよは、赤いスカートを履いた小さな女の子の姿を見かけた。
真帆の兄で担任の小山と幼なじみの達也（馬場良馬）は、妹の死に納得できず、学校を訪れて事情を調べはじめる。そんな中、またしても校内で不可解な事件が起こり、さよは再びあの赤いスカートの少女の姿を見るのだった。
達也と小山は、さよが赤いスカートの少女を見かけたと知り、自分たちが小学生だったことに学校で起きたある出来事を思い出していた。その出来事が真帆の死に関係しているのではと考えたふたりは、過去の出来事の真相を探ろうとするのだが……。
学校で起きる怪事件の原因はなんなのか？ トイレの少女“花子さん”の恐怖が、さよにも迫ろうとしていた……。
